اهداف پژوهشكده شامل استفاده از بيوتكنولوژي و سایر فناوری های نو مانند نانوتکنولوژِی در جهت نيل به خودكفايي محصولات مهم كشاورزي، بهبود كيفيت و افزايش درآمد بخش كشاورزي در راستاي توسعه پايدار و تامين امنيت غذايي است. در اين چارچوب وظايف اساسي پژوهشكده به شرح زير است:
تعيين اولويتهاي تحقيقات بيوتكنولوژي کشاورزی، مهندسي ژنتيك، زيست شناسي مولكولي و علوم وابسته.
تهيه و بهينه‌سازي طرح جامع بيوتكنولوژي كشاورزي جمهوري اسلامي ايران.
انجام تحقيقات بنيادي و كاربردي زيست فناوري در جهت حل مشكلات بخش كشاورزي و بهبود كيفي و كمي محصولات كشاورزي.
تحقيق در زمينه روشهاي جديد بيوتكنولوژي و كاربرد آنها از جنبههاي اقتصادي- اجتماعي، فرهنگي و اخلاقي، مسائل زيست محيطي و زيست ايمني و قابليت اجراي آنها در ايران.
مرجعیت ملی ایمنی زیستی و بررسي پيشنويس معاهدات بينالمللي مرتبط با بيوتكنولوژي و ايمني زيستي و تهيه نظريه كارشناسي و ارائه آن به مراجع ذيربط و شركت فعال در مذاكرات ملي و بين المللي.
همكاري و ارتباط مستمر با موسسات مشابه، ساير موسسات تحقيقاتي تحت پوشش سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي، دانشگاهها و ساير مراكز علمي داخلي، خارجي و بين المللي.
بررسي و ارائه نظرات كارشناسي درخصوص خريد و انتقال دانش فني فناوري‌هاي نوين به داخل.
تشويق بخش خصوصي به سرمايه گذاري و تجهيز آزمايشگاه هاي بيوتكنولوژي و ارايه خدمات.
اجرای پروژه های پژوهشی در مورد ايمني زيستي و انجام آنالیز احتمال خطر.
انجام هر نوع تحقيقات مهندسي ژنتيك (گياهان و جانوران و ريزسازواره ها) با رعايت ملاحظات ايمني زيستي به طور انحصاري
همكاري در زمينه عقد قرارداد، تفاهمنامه و همكاري جهت اجراي پروژه هاي مشترك (در زمينه بيوتكنولوژي كشاورزي و ساير موارد مرتبط با اهداف پژوهشكده) با موسسات مرتبط داخلي و خارجي .
ارتقاء و هدايت كاربردي تحقيقات بيوتكنولوژي در ساير موسسات وزارت جهاد كشاورزي .
نظارت بر نحوه اجراي سياستهاي متخذه در خصوص نحوه اجراي قوانين و مقررات ملي و بين المللي مورد پذيرش دولت جمهوري اسلامي ايران كه به نحوي به فعاليتهاي بيوتكنولوژي کشاورزي (در سطح ملي يا بين المللي) مرتبط است .
برنامه های کاری مهم پژوهشکده :
توسعه و استفاده از فناوري هاي نوين كشاورزي در جهت كمك به حل مشکلات بخش کشاورزی و تامين امنيت غذايي کشور، ارتقاء سطح سلامت غذايي جامعه، حفاظت از منابع پايه و بسترهاي زيست محيطي در راستای توسعه پایدار، توليد علم و ثروت و کمک به توسعه پايدار و خود اتکايي در محصولات کشاورزي، تبدیل شدن به یک مرکز علمی پیشتاز در خاورمیانه و منطقه، تقویت امنیت غذایی کشور، کمک در ارتقای سطح سلامت غذایی جامعه، حفاظت از منابع پایه و بسترهای زیست محیطی و تولید علم و ثروت برای کشور و به تبع آن برای کشاورزان و کمک به توسعه پایدار و خود کفایی در تولید محصولات کشاورزی.
